Снова победив Боузера и защитив Бруклин, Марио думал, что настало время передышки. Но покой оказался недолгим. Коварный союз между бандой Варио и Боузером-младшим грозит новой бедой. Их амбиции не знают границ — они задумали подчинить себе весь мир. Теперь Марио не может справиться в одиночку. На помощь приходят верные друзья и неутомимый динозаврик Йоши. Вместе им предстоит найти способ разрушить опасные планы врагов и вернуть спокойствие.