Прошло тридцать один год с момента Третьей мировой, когда ядерные удары стерли прежнюю столицу Японии с лица земли. На её пепелище вырос Нью-Токио — город-феникс, чей безупречный фасад скрывает иную реальность. Государство, в котором оно находится, всё больше напоминает машину подавления, где любое инакомыслие встречает беспощадный ответ.
В секретных лабораториях, вдали от глаз общественности, идут иные войны. Учёные, подчиняясь приказам, проводят опыты над человеческой психикой, пытаясь выковать из разума новое оружие. Во главе этого направления стоит полковник Сикисима, чьи амбиции в сфере биологических исследований всё чаще приводят к трениям с официальными властями.
А на улицах, в сердцах отчаявшихся людей, зреет странная вера. Распространяются слухи о сверхчеловеке — Акире. Говорят, его приход положит конец страданиям и вернёт Японии былое величие. Эта надежда, рождённая в тени небоскрёбов, становится новой, непредсказуемой силой в и без того хрупком мире.